Cada cuatro años los afiliados a la ONCE eligen en votación a quienes les representarán en ese periodo. De las urnas resulta la composición de los Consejos Territoriales (uno por cada comunidad autónoma) y del Consejo General, máximo órgano de representación y gobierno de la Institución.

De la gestión y ejecución de los acuerdos del Consejo General se encarga la Dirección General, de la que dependen distintas direcciones ejecutivas, delegaciones territoriales y demás centros, así como la Corporación Empresarial ONCE (CEOSA). Este esquema organizativo permite un funcionamiento de la ONCE ágil y participativo.